Rok 1548 stał się ważną datą w dziejach polskiej Reformacji. Przez Wielkopolskę przeszło wówczas kilka grup braci czeskich, wygnanych z dóbr królewskich w Czechach, udając się do Prus Książęcych, gdzie książę Albrecht obiecał im schronienie. Niektórzy z polskich magnatów i szlachty gotowi byli zatrzymać ich u siebie, ale król na to nie pozwolił. Bracia wywędrowali więc do Prus, ale ich duchowni jeżdżąc na Morawy, zatrzymywali się po drodze w Poznaniu. Jesienią 1549 r. biskup Mach Sionský przyjął do Jednoty burmistrza Andrzeja Lupsińskiego i kilku mieszczan. Przejezdni księża odprawiali potajemnie nabożeństwa w domach prywatnych.

W 1551 r. nowopowstały zbór poprosił Macha o przysłanie stałego kaznodziei. Biskup na razie nie mógł tego zrobić, ale kazał ministrowi w Kwidzynie, Jerzemu Izraelowi dojeżdżać do Poznania. Był to syn kowala, znający również rzemiosło kowalskie, człowiek o skromnym wykształceniu, ale wielkiej energii i osobistej odwagi. Pozyskał nie tylko kolejnych wiernych stanu mieszczańskiego, ale Katarzynę Ostrorożankę, wnuczkę Jana Ostroroga, wojewody poznańskiego i słynnego pisarza politycznego. Brat jej Jaku Ostroróg, choć był już zdecydowanym zwolennikiem Reformacji, do braci czeskich początkowo odnosił się niechętnie. Natomiast Katarzyna namówiła jego żonę, Barbarę ze Stadnickich, aby zaprosiła Izraela i biskupa Macieja Červenkę na zamek w Ostrorogu. Podobno Jakub wszedł z biczem w ręku do komnat żony, aby przerwać odbywające się "bez jego pozwolenia nabożeństwo. Izrael powitał go i poprosił, aby usiadł a Červenka spokojnie kontynuował kazanie.

Pan Jakub miał później mówić, iż ogarnęła go taka bojaźń Boża, że usiadłby, gdyby mu pokazano miejsce pod stołem, lub pod ławą. Bez względu na to, czy ta anegdota jest prawdziwa, Jakub Ostroróg stał się najgorliwszym wyznawcą i opiekunem Jednoty. Dla zboru poznańskiego, który nie mógł bezpiecznie działać w mieście, przeznaczył dwa swoje domy na przedmieściu św., Wojciecha, a więc poza granicami miejskiej jurysdykcji. (Dokładnie w tym miejscu znajduje się obecnie kościół i klasztor oo. Karmelitów). W 1553 r. oddał Izraelowi kościół i plebanię w Ostrorogu, Znalazł naśladowców wśród szlachty, a nawet ludzi o pozycji magnackiej jak Jan Krotoski, Jan To-micki, Łukasz Górka.
Można uznać za rzecz pewną, że w połowie XVI w, w niektórych rodzinach nie wygasły jeszcze tradycje, jeśli nie husyckie, to w każdym razie utrakwistyczne; przeko-nanie, że katoliccy księża krzywdzą świeckich nie udzielając im komunii pełnej, tzn. pod dwiema postaciami. Szerszym zjawiskiem był podziw dla kultury i literatury czeskiej powszechny wśród wykształconych elit. Ułatwiało to recepcję czeskich. pism religijnych. Polski i czeski były w owych czasach bardziej do siebie zbliżone niż obecnie i bariera językowa praktycznie nie istniała. To, że przysyłani do Polski ministrowie początkowo odprawiali i nabożeństwa po czesku, nie stanowiło przeszkody. (Izrael biegle władał językiem polskim, inni szybko się uczyli.) Poznański szewc Paweł Organista pytany dlaczego lepiej mu się podobają nabożeństwa braci, niż katolickie, odpowiedział, "bo z tych rozumiem wszystko, a z tamtych nic".
Zbory powstające w Wielkopolsce należały do sprawnie działającego Kościoła, z główną siedzibą na Morawach. Tymczasem ruch reformacyjny w Małopolsce nie miał ośrodka dyspozycyjnego, każdy działał na własną rękę, szukając różnych rozwiązań. Na sejmie 1555 r. uzyskano od Zygmunta Augusta dosyć mglistą obietnicę zwołania soboru narodowego. Pilna stała się potrzeba stworzenia jakichś ram organizacyjnych i przedstawienia królowi wyznania wiary. Niektórzy działacze małopolscy uznali, że wzorem dla nich może być Jednota. Na zjeździe w Koźminku w 1555 r. doszło do porozumienia, na-zywanego w literaturze historycznej "unią", choć nie jest to właściwe określenie. Oba Kościoły zachowały pełną niezależność. Małopolanie, pochwalając doktrynę i liturgię braci, obiecali bliżej się z nią zapoznać i w miarę możności wprowadzać w życie. W następnych latach doszło do dalszych spotkań, ale im lepiej poznawano się wzajemnie, tym perspektywa zjednoczenia stawała się mniej realna. Dla małopolan. którzy znali już pisma Melanchtona i Kalwina, nie do przyjęcia okazały się niektóre punkty "Konfesji braci czeskich”, zwłaszcza dotyczące obecności Chrystusa w Eucharystii i usprawiedliwienia przez wiarę. Co więcej, duchowni zwierzchnicy Jednoty nie okazywali najmniejszego zrozumienia dla idei utworzenia Kościoła narodowego. Chcieli trzymać się z daleka od polityki, godzili się z rolą mniejszości wyznaniowej, trwali przy zasadzie starannej selekcji nowo przyjmowanych i utrzymania surowej dyscypliny. Małopolanie, którym zależało na masowym pozyskiwaniu zwolenników, na próżno tłumaczyli, że dwustopniowe przyjmowanie: "do Słowa Bożego", a dopiero po okresie próby "do dobrego sumienia” połączone z obietnicą posłuszeństwa duszpasterzowi, zniechęca ludzi. Wręcz zgorszenie budził celibat, który braterscy księża na ogół zachowywali, choć nie był bezwzględnie obowiązujący, oraz pozostawienie niektórych zwyczajów i ceremonii używanych w Kościele katolickim.

Jan Łaski, który przybył do Polski w 1556 r., zamierzał opracować wspólną konfesję dla wszystkich odłamów polskiej Reformacji. Czeska konfesja nie nadawała się do tego celu. Sądził, że jeżeli weźmie za główną podstawę konfesję augsburską, będzie to najłatwiejsze do przyjęcia przez króla i księcia Albrechta. Polskim braciom sprawa zjednoczenia nie była obojętna, ale nie odważali się podjąć na własną rękę tak doniosłej decyzji. Na synod w Sležanach na Morawach, który rozpoczął się w sierpniu 1557 r., przyjechała delegacja wysokiego szczebla: Jakub Ostroróg ze swoim najbliższym współpracownikiem Wojciechem Marszewskim, Jan Krotoski kasztelan (a później wojewoda) inowrocławski, Jan Tomicki kasztelan rogiziński i Rafał Leszczyński, który, o ile wiadomo, jeszcze wówczas do braci nie należał. Stanowisko starszych Jednoty było jasne: nie wolno odstąpić od własnej konfesji. Co więcej Izrael został obrany seniorem i powierzono mu zwierzchnictwo nad zborami w Polsce i w Prusach. Od tej chwili można mówić o trzeciej obok czeskiej i morawskiej, polskiej prowincji Jednoty.
Łaski uzyskał poparcie niektórych wielkopolskich wielmożów, ale członkowie Jednoty pozostali jej wierni. Ostatecznie jego akcja skończyła się niepowodzeniem. Główną przyczyną była niemożność porozumienia się z luteranami; sprawa stosunków z braćmi miała raczej drugorzędne znaczenie.
Pierwszy znany synod braci czeskich odbył się w Poznaniu w 1560 r. Na sejmie 1563 r. delegacja, z Jakubem Ostrorogiem na czele przedstawiła królowi "Konfesję" w polskim tłumaczeniu.
Ostatecznie w Koronie powstały trzy Kościoły ewangelickie. Wyznania augsburskiego w Wielkopolsce i w Prusach, ze znaczną przewagą ludności niemieckiej. Kalwiński na Kujawach i w Małopolsce; ten ostatni zawdzięczał Łaskiemu swój ostateczny kształt doktrynalny i organizacyjny. Na koniec Kościół wyznania czeskiego w Wielkopolsce; najmniejszy i możnaby sądzić, najmniej atrakcyjny dla szlachty. W swojej ojczyźnie duchowni braterscy działali niemal wyłącznie wśród chłopów i drobnych mieszczan i obecnie a trudem przystosowywali się do potrzeb ludzi z wyższych warstw społecznych. Szlachta odrzuciła występujące w dawnej czeskiej Jednocie tendencje do unikania publicznej działalności i zamykania się we własnym gronie, sprawowała urzędy, posłowała na sejmy itp. Rafał Leszczyński, jeden z najwybitniejszych działaczy politycznych tego okresu, był patronem kalwińskich zborów na Kujawach, planował sprowadzenie do Polski Melanchtona, pozostawał w bliskich stosunkach z ks. Albrechtem. Ostatecznie wstąpił do Jednoty i w przywileju, jaki wystawił dla zboru w Lesznie, czytamy: "Między taką wielością nauk nie upatrzyłem szczerszej, porządniejszej, stalszej, pobożniejszej, w przykładzie i nauce uczciwszej, a Kościołowi dawnemu chrześcijańskiemu równej, jaka między bracią konfesji waldenskiej, która między Czechy przed okrucieństwem a tyraństwem antychrystowym, a  ślepym światem taiła się". Pierwsi biskupi Jednoty mieli być wyświęceni przez waldensów, stąd bracia używali niekiedy nazwy "waldensi", która ostatecznie została zarzucona, jako niewłaściwa.
Przyczyny sukcesu w Polsce są z pewnością złożone i niełatwe do wyjaśnienia. Warto jednak zwrócić uwagę na to, iż bracia chlubili się tym, że ich Kościół pochodzi od Husa, a więc jest starszy niż luterański i powstał w bliskim Polakom kraju słowiańskim. Podczas, gdy ze strony katolickiej zarzucano Reformacji, że jest zjawiskiem nowym (w negatywnym znaczeniu) i przychodzącym z zagranicy, a co gorsza z Niemiec, bracia reprezentowali starożytność, rodzimość i trwałość, wartości wówczas wysoko cenione.
Jednota posiadała w II pół. XVI w. w Wielkopolsce co najmniej pięćdziesiąt zborów, choć niektóre miały krótki żywot. Nie było żadnego czeskiego, ale kilka niemieckich (największy w Lesznie); na ogół Niemcy chętniej wybierali luteranizm. Zachowało się około dwustu nazwisk rodzin, szlacheckich, w rzeczywistości musiało być ich znacznie więcej. Natomiast pozyskano niewielu polskich mieszczan, a tylko wyjątkowo chłopów. Przy każdym nieco większym zborze zakładano szkołę, niektóre osiągały poziom wyższy niż elementarny. Szkoły średnie w pełnym znaczeniu tego słowa istniały w Koźminku, Łobżenicy i Lesznie, Szlachta oddawała ministrom dotychczasowe świątynie katolickie wraz z całym uposażeniem, a więc i z. dziesięcinami od chłopów. (Była to niewątpliwa nadinterpretacja prawa patronatu.) W Jednocie pobieranie przymusowych danin od ludzi niebędących współwyznawcami budziło początkowo opory. Dawniej księża utrzymywali się z dobrowolnych datków wiernych i z pracy własnych rąk; w tym celu uczono ich rzemiosła. W Polsce było to niemożliwe, uprawianie rzemiosła, którym szlachta gardziła, nie dałoby się pogodzić z autorytetem duszpasterza. Celibat szybko zaniknął.
Cechą wyróżniającą organizację Jednoty była stosunkowo silna pozycja duchowieństwa. Powołano wprawdzie seniorów świeckich, ale odgrywali oni znacznie mniejszą rolę niż małopolscy, którzy właściwie rządzili tamtejszym Kościołem. Wielkopolska szlachta cierpliwie znosiła to, że z rzadka bywała zapraszana na synody, nie kontrolowała finansów, nie uczestniczyła w wyborze seniorów. Widoczna różnica między obydwiema dzielnicami ujawniła się w stosunku do arianizmu, który doprowadził do dramatycznego rozłamu w kalwińskim Kościele małopolskim, a w Wielkopolsce znalazł znikomy oddźwięk. Od Jednoty nie odszedł żaden minister.
Bracia czescy długo strzegli swojej doktrynalnej odrębności, ale w znacznym stopniu przyczynili się do zawarcia w 1570 r. "Zgody Sandomierskiej". Luteranie, kalwiniści i bracia czescy uznali wzajemnie prawowierność swoich konfesji, ustanowiono też wspólnotę ambony i ołtarza. Bardzo ważnym wydarzeniem było przybycie w 1628 r. do Polski braci wygnanych z Czech i Moraw, które znalazły się pod panowaniem Habsburgów. Leszno stało się siedzibą seniorów Jednoty czesko-morawskiej. Doniosłym zjawiskiem kulturalnym była reforma gimnazjum w Lesznie przeprowadzona przez J. A. Komeńskiego oraz działalność drukarni Daniela Vettera.
Nieuchronnie następowała stopniowa kalwinizacja Jedne ty. W 1637 r. wydano wspólną agendę dla zborów małopolskich, litewskich i wielkopolskich (z zachowaniem niewielkich różnic), a w czasie toruńskiego Colloquium Charitativum w 1645 r. ustalono wspólne wyznanie wiary. Oznaczało to pełne zjednoczenie braci czeskich z ewangelikami reformowanymi. Niemal wszyscy Czesi opuścili Polskę w czasie wojny szwedzkiej 1655-60 i Jednota czesko-morawska przestała istnieć. Jej ostatni biskup J. A. Komeński zmarł w Amsterdamie w 1670 r. W Polsce obok nazwy "Kościół reformowany", była niekiedy używana "Jednota braterska", aż do początków XVIII, ale nie oznaczało to już wyznania religijnego, ale organizację kościelną zachowującą drobne tradycyjne odrębności. W 1817 r. król pruski Fryderyk Wilhelm III utworzył tzw. "Kościół unijny" i wielkopolski Kościół ewangelicko-reformowany utracił samodzielność. Został podporządkowany konsystorzowi, w którym dominowali niemieccy luteranie.
Rozbicie ruchu reformacyjnego w Rzeczypospolitej było nieuchronne, skoro monarcha nie stanął na jego czele. Jest jednak zjawiskiem niezwykłym, że obok wielkich, ogólnoeuropejskich wyznań znalazło się w nim miejsce dla skromnego i mało znanego Kościoła braci czeskich.